Në Njësinë e ndotësve dhe ekotoksikologjisë bëhet ekzaminimi i përmbajtjes së mbetjeve të pesticideve në këto produkte: perime, fruta, ujë, produkte të drithërave, lule dhe vaj të kanabisit në përputhje me Rregulloren për mbetjet e pesticideve – G. Zyrtare e RMV-së nr. 95 dhe Farmakopeja evropiane (Ph. Eur. 2.8.13) për produktet e kanabisit. Kryhen edhe analiza për përcaktimin e mykotoksinave në produktet e drithit, frutat e thata, frutat arrore, mëlmesat dhe produkteve të tjera në përputhje me Rregulloren për ndotësit – G. Zyrtare e RMV-së, nr. 227 dhe Farmakopeja evropiane (Ph. Eur.2.8.18) për produktet e kanabisit. Njësia është e pajisur me kromatografë të gaztë me lloje të ndryshëm të detektorëve (MS, FTD, ECD), fluorimetër dhe ELISA.

Janë akredituar këto metoda:

1. Përcaktimi i pesticideve në ujë me Kromatrograf të gaztë me detektor për masën (GC- MS);
2. Përcaktimi i mbetjeve të pesticideve në fruta dhe perime me Kromatrograf të gaztë me detektor për masën (GC-MS);
3. Procedura fluorimetrike VICAM AflaTest për përcaktimin e numrit të përgjithshëm të aflatoksinave në kikirikë, produkte nga kikirikët, bajame, fara kajsie, fëstëkë, lajthi dhe arra indie;
4. Procedura fluorimetrike VICAM AflaTest për përcaktimin e numrit të përgjithshëm të aflatoksinave në drithëra dhe misër;
5. Procedura fluorimetrike VICAM AflaTest për përcaktimin e numrit të përgjithshëm të aflatoksinave në lulen e kanabisit;
6. Metoda ELISA: përcaktimi i sasisë së përgjithshme të aflatoksinave në drithëra dhe produkte të drithërave, fruta arrore, fruta të thata, mëlmesa, birrë dhe vajëra;
7. Metoda ELISA: përcaktimi i Охраtoksin në produkte të drithërave, birrë dhe verë;
8. Metoda ELISA: përcaktimi i Fumonisin në produkte të drithërave dhe birrë;
9. Metoda ELISA: përcaktimi i Deoksinivalenol në produkte të drithërave dhe birrë;
10. Metoda ELISA: përcaktimi i Zearalenon në produkte të drithërave dhe birrë;