1. vërtetim dhe identifikim të parazitëve në mostra humane;
2. vërtetim dhe identifikim të parazitëve në ujë.

Njësia e parazitologjisë bën edhe ekzaminime parazitologjike të cilat sipas rregulloreve ligjore i nënshtrohen mbikëqyrjes shëndetësore:

1. të personave që vijnë nga vende ku ka rrezik epidemiologjik nga disa sëmundje ngjitëse të caktuara,
2. të personave që punojnë në prodhimin dhe tregtimin e produkteve ushqimore dhe ujit të pijshëm me qëllim të parandalimit të sëmundjeve parazitare - ekzaminime sanitare.

Njësia e parazitologjisë e ndjek rregullshmërinë shëndetësore të ujit të pijshëm, ujërave sipërfaqësore dhe ujërave të zeza, në përputhje me rregulloret ligjore. Sipas kërkesave për akreditim (ISO 17025), Njësia prezanton një sistem filtrimi membranor plotësisht të automatizuar, i projektuar posaçërisht dhe i destinuar për testimin parazitologjik të ujit.

Analiza të cilat kryhen në Njësinë e parazitologjisë:

1. feces për cista dhe forma vegjetative të protozoave dhe vezë të helminthëve – preparat nativ;
2. feces për cista dhe forma vegjetative të protozoave dhe vezë të helminthëve – metoda e koncentrimit;
3. strisho me cellofan (perianal) për Enterobius vermicularis;
4. vërtetim i Trichomonas vaginalis nga trakti gjenital, uretral, urina, ejakulati, (reaksion zinxhir i polimerazës në kohë reale, preparat nativ, kultivim);
5. material bioptik dhe punktate nga organe për parazitë indorë (native, ngjyrosje diferenciale);
6. detektimi i parazitëve në lëngjet dhe ekskretet trupore (native, ngjyrosje diferenciale);
7. analizë gjaku për mikrofilarie ( metoda e Knott);
8. detektimi i antigjenit të Giardia lamblia (në mënyrë imunokromatografike);
9. detektimi i antigjenit të Crуptosporidium spp. (në mënyrë imunokromatografike);
10. detektimi i antigjenit të Plasmodium falciparum (në mënyrë imunokromatografike);
11. detektimi i antigjenit të Plasmodium vivax, Plasmodium ovale, Plasmodium malariae (në mënyrë imunokromatografike);
12. detektimi i antitrupave IgM/IgG për mikrofilarie (në mënyrë imunokromatografike);
13. detektimi i antitrupave IgM për Leishmania donovani (imunofluoreshencë indirekte);
14. detektimi i antitrupave IgG për Leishmania donovani (imunofluoreshencë indirekte);
15. detektimi i antitrupave IgM/IgG për Leishmania donovani (në mënyrë imunokromatografike);
16. detektimi i antitrupave IgG për Echinoccocus granulosus (imunofluoreshencë indirekte);
17. detektimi i antitrupave IgA për Echinoccocus granulosus (imunofluoreshencë indirekte);
18. detektimi dhe difencimi i Echinoccocus granulosus / Echinoccocus multilocularis (western blot);
19. detektimi i antitrupave Brucella spp. (BAB test kualitativ, kuantitativ – hemaglutinim i tërthortë);
20. detektimi i antitrupave Entamoeba histolytica (kuantitativ – hemaglutinim i tërthortë);
21. detektimi i Chlamydia trachomatis nga trakti gjenital – strisho uretrale, nga urina, nga konjuktiva (reaksion zinxhir i polimerazës në kohë reale);
22. detektimi i llojeve të Plasmodium në gjak (reaksion zinxhir i polimerazës në kohë reale);
23. përcaktimi makroskopik dhe mikroskopik i helminthëve;
24. përcaktimi makroskopik dhe mikroskopik i artropodeve.